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在抢夺金苹果后，艾吉奥正式加入刺客兄弟会，但就在他们回到佛利城的途中却遭到了圣殿骑士军队的攻击，艾吉奥受了伤，金苹果也被夺走。艾吉奥回到弗洛伦萨，成功夺回苹果。随着艾吉奥收集的阿泰尔密函越来越多，刺客组织也从中拼出了一个世界地图并通过苹果找到了更多的神秘地点。艾吉奥为了进入地下密室，独自闯入西斯廷教堂，击败了教宗亚历山大六世并打开地下室的隐藏通道，从先行者口中得知了人类在未来将会面临重大灾难的预言。
艾吉奥和叔叔马里奥回到了蒙特里久尼，但这里再度遭到圣殿骑士的攻击，叔叔马里奥被杀，艾吉奥中枪逃走，金苹果也再次落入了圣殿骑士手中。
艾吉奥来到罗马，不断地削弱圣殿骑士的势力，夺回金苹果的艾吉奥在苹果的指引下，把它藏在了罗马斗兽场下的神殿，等待着五百年后某个人的出现。
艾吉奥稳固了刺客组织在意大利的势力，将整个刺客组织发展壮大。在某次阅读叔叔马里奥的文档时，艾吉奥发现了一封他父亲的来信，提及了一个隐藏在著名刺客阿泰尔出生地马斯亚夫的秘密图书馆。
艾吉奥踏上了前往马斯亚夫的旅途，经过了整整十个月的长途跋涉才最终抵达。但意想不到的是，迎接他的竟然是大批的圣殿骑士。在幻觉中，艾吉奥看到了一名白衣刺客，也就是宣传CG中的那一幕。
成功逃离后，艾吉奥询问了被圣殿骑士劫持的工人，知道原来这些圣殿骑士也在寻找进入图书室的方法。
在马可波罗的父亲尼克罗波罗书籍的指引下，艾吉奥不断地搜寻马斯亚夫的钥匙，还在君士坦丁堡卷入了拜占庭王室的内部斗争之中。
这些马斯亚夫的钥匙从造型上来就是一张张散发着金光的圆碟，显然是先行者们科技的产物，这其中也蕴含着阿泰尔的记忆，这些记忆是戴斯蒙之前也没有见到过的。
原来，阿泰尔晚年在马斯亚夫建立了一个图书室，把自己的一生简述给尼克罗波罗。同时，阿泰尔把刺客们派遣到世界各地，因为阿泰尔刺杀了成吉思汗引来了蒙古军队的报复，所以阿泰尔把自己的密函、图书室钥匙等给予尼克罗波罗这位探险家，并希望有朝一日，有一名刺客可以找到这里。
在老宋以戴斯蒙的视角体验这一切的时候，他的心情是复杂的。
艾吉奥成功打开了图书室的大门，一路点燃墙壁上的火把。但，那里面却是空空如也，只有过了那么多年依旧等待着的阿泰尔的遗骨。
在阿泰尔的记忆中，年迈的阿泰尔和自己的儿子道别，而后进入图书室中，沉重的大门在他的面前落下。
阿泰尔颤颤巍巍地向前走着，将墙壁上的火把依次熄灭，把自己的金苹果妥善地藏好。
【坐下来休息一会儿。】
视野中出现了一行小字，阿泰尔摸索着房间中央的椅子颤巍巍地坐了下来，看着手中的马斯亚夫钥匙，仿佛陷入了沉思。
但，镜头一转，已是四百多年后。