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死城被封之后，没有力竭的祖君通过古井逃回死界，女娲和有巢追杀而去，出了古井，祖君们早已逃得没了踪影，然而，有巢突然发现古井存在阵法，一座巨碑瞬间笼罩而下，企图斩断死界与九州的联系，有巢氏毅然以疲惫带伤的躯体硬撼天碑，但正当他全力对抗封印力量的时候，一位似乎无力远遁而勉强隐藏的祖君偷袭了他，最终，他不得不身死在古井之中。女娲刚离开便感应到有巢的危险，待她瞬间赶到，却还是晚了一步，祖神级的出手迅捷无比，一念之间可攻击千百万次。女娲含恨，最终，这位已临暮日的祖君饮恨在了她的手下。
在这个祖君临死前，女娲通过搜寻它的记忆，知道了更为惊人的秘密。
原来，那个超越祖神境界的契机与那个黑暗巨神有关，即使强如黑暗巨神，也并没有超越祖神，它只是一位处于祖神境界顶点的存在，那个所谓的契机，在光明与黑暗的尽头。
光明与黑暗发源于一点，那似乎是另外一个世界的漏洞，光暗不过是那个世界透过漏洞散发的一丝力量的变异而已，由此可见，那未知的地方，究竟是如何恐怖。
无数岁月之前，黑暗企图吞噬光明，从而强大自身，之后逆转自己，回到原点那里的世界。然而，本无心争强的光明，最终在黑暗的不断挑衅下奋起抵抗，竟然战胜黑暗，笼罩了世间，从而产生了四方世界，百族云集。
黑暗不可能真的消失，它与光明本为同体，它只是蛰伏在了光明之下，黑暗在被困之前，偷天换日，给自己埋下了一颗种子，这颗种子就是黑暗巨神。
女娲在得知这些的同时，也知道了祖君们利用黑暗秘法竟然将死界和洪荒天界联通了，由于洪荒天强者不能离开洪荒天，再有以前的祖神们依然与他们在那一界互相牵制，所以无法降临死界来助它们征战四方。
由于各界都被封困了，女娲也无法脱身出死界，于是她想用刚刚杀死的祖君之骨模仿死城魔井制造一个通道，但最终没有成功，这个通道只能达到由虚凝实的作用，于是女娲便如萧晨那样回归了九州，她发现死城拘谨了很多强者，这些人已死，却被控制，只剩下保卫这座城的意识，女娲无心毁灭它们，对于祖神来说，这一切实在不足一提。女娲直接来到燧人氏的尸体旁，给他盖上裹尸布，之后到东海寻到处于迷失之中佛陀的无上无量佛身，也为其披挂了裹尸布，然后以大法力给整座龙岛设下了神光等封印，她连番战斗，所剩力量不多，一番布置之后，力竭，被拉回了死界。
女娲回到死界后，恢复了一点力量，用祖君骨骸炼制女娲戒，然后再次回到九州，以女娲戒盛装始祖龙仅剩的头骨和仅余一丝魂魄的伏羲，然后在洛阳城处将全身力量困于地下，从而达到力竭被拉回死界的目的。后来，女娲留在洛阳的力量，被萧晨驾驭的上古黄泥台吸收了。
女娲还记挂着龙族和死城，龙族是一股强大的力量，不可被永世封困，她为了给龙族留下出去的希望，将禁忌封印设定为每隔一段时间开启半年。